肠管外部为浆膜，中间为肌层，内部为黏膜，这个黏膜就是肠道黏膜。
肠道黏膜像南美洲国家智利的国土形状一样，呈长条形。黏膜表面看起来是光滑的，但如果将其放大150万倍，就会发现另一番景象——皱壁丛多、绒毛如林，而在肠上皮细胞表面还生长着微绒毛。
在肠黏膜的表面布满了由黏膜上皮细胞分泌的粘液，这和胃的情况差不多。粘液营养丰富，有利于细菌和细胞的生长，还能保护宿主健康。
当然，说到底，粘液还是黏膜上皮细胞的附属物，其性质受黏膜上皮细胞控制，与定居在这里的生理性细菌地位相当。粘液和定居细菌的关系相当和谐，二者经常进行物质、能量及信息交流。
黏膜下层蕴藏着无尽的财富，除了有吸收、分泌与消化及其他生理功能之外，还有极为重要的免疫器官和细胞。
这些器官和细胞不仅保证宿主内稳定性的平衡、生长和发育，而且是正常微生物群共生的结果。没有正常的、生理性的细菌与肠道上皮细胞接触，就不会有这些器官与细胞的生长发育，其功能也会随之丧失。可见，肠道菌群是促进人体免疫系统完善的重量级功臣，只是它们比较低调，不善自夸，以致被人们遗忘了这么久。
而说到免疫，我们一定不会陌生，它是高等生物体适应内外环境的生理学特性。没有免疫功能，生物体的存在就要受到威胁。肠黏膜内及黏膜下的免疫器官及免疫细胞的存在，使得人体及其他高等动物宿主具有细胞免疫及体液免疫功能。这种功能的保持与发育，直接受肠道正常微生物群的共生作用支持。
肠道菌群支持着宿主的免疫系统，同时，也受到这个免疫系统的保护。宿主的细胞免疫与体液免疫为了保护自身，而对自然王国的居民有着严格的政策界线。
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肠道菌群分成两类：常驻菌与过路菌，也叫原籍菌与外籍菌。常驻菌能引起宿主产生免疫球蛋白A，在这里常驻菌就像免疫球蛋白的父亲，而直接生产它的宿主就是母亲了。
从这一点看，没有常驻菌，就没有正常的免疫现象。当然，球蛋白也具有所有儿女的特质——不会对父常驻菌产生免疫排斥，而对于家门口过的外籍菌也不会放过，会产生强烈的免疫排斥。细胞免疫就像是它的同胞兄弟，具有一样的敌我意识。免疫系统敌我分明，该保护的保护，该控制的控制，该消灭的消灭，可谓天衣无缝。
总而言之，常驻菌与肠上皮细胞关系密切，是免疫机制中的必需因素。不论细胞免疫还是体液免疫都不排斥常驻菌，这是长期进化的共生关系所决定的。
我们理解的正常菌群不应只有常驻菌，虽然它们和人类是亲密伙伴。这种平衡应包括常驻菌与过路菌、菌与菌、菌与宿主，在定性、定量、定位及定主的前提下的动态平衡，并由此维持着正常微生物群的正常秩序。
过路菌经常来肠道做客，并暂时定居于此，与常驻菌密切相处。它们虽然关系密切，但也必须注意自己的客人身份，必须与肠黏膜上皮细胞保持一定距离，毕竟，这里不是自己的领地，一旦过量必会引起免疫系统的反应，产生较高的特异性免疫，引起免疫应答，对其自身产生控制作用。
免疫系统对致病菌如沙门菌及其他肠道致病菌有强烈反应，一旦接触，就会产生强烈的免疫反应，无论体液免疫还是细胞免疫，都会因此发生强烈的抵抗或杀灭作用。当然，这种偶尔的刺激也是有益的，既保护宿主不受侵犯，又控制其种群规模。就在这种适量刺激与免疫控制的过程中，种群得以始终保持在最佳的规模。
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｜沙门菌
肠从胃幽门至肛门，是消化管中最长的一段，也是功能最重要的一段。肠包括小肠（十二指肠、空肠、回肠）、大肠（结肠、直肠）。十二指肠上连胃下接空肠，空肠上连十二指肠下接回肠，回肠与结肠相连。大量的消化作用和几乎全部消化产物的吸收都是在小肠内进行的。结肠下连直肠，与肛门相通。大肠主要浓缩食物残渣，形成粪便，再通过直肠经肛门排出体外。
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肠道黏膜长为600厘米，周围横径为10厘米。
人的肠管多皱壁，若展开，其周围横径长度可增至100厘米，肠管黏膜的总面积接近20平方米。
对细菌来说，其平均体积大概相当于人体积的1/150万。如果细菌的体积增大到和人一般大小的话，那么其空间就应扩大150万倍，相当于变成20×（1.5×106）平方米，合30平方公里。